Kardynał Stefan Wyszyński (1901-1981) otrzymał święcenia kapłańskie w 1924 roku we Włocławku. Po II wojnie światowej został mianowany biskupem diecezjalnym lubelskim w latach 1946–1948. W latach 1948–1981 był arcybiskupem metropolitą gnieźnieńskim i warszawskim oraz prymasem Polski w latach. Papież Pius XII ustanowił go kardynałem w 1953.
Kardynał Stefan Wyszyński odegrał kluczową rolę w dziejach ATK. Akademia została utworzona w czasie, kiedy Prymas znajdował się w przymusowym internowaniu (od 25 września 1953 do 26 października 1956). Pierwsze lata istnienia ATK były nacechowane niepewnością co do jej przyszłości i wątpliwościami związanymi z jej kościelnym statusem.
W styczniu 1960 roku Kardynał Stefan Wyszyński zaaprobował działalność warszawskiej uczelni teologicznej. W dniu 25 stycznia 1960 roku doszło do spotkania Senatu ATK z Kardynałem Wyszyńskim w jego rezydencji przy ul. Miodowej w Warszawie. W czasie tego spotkania Ksiądz Prymas poinformował, że posiada pismo Kongregacji Seminariów i Uniwersytetów, zlecające mu władzę nad Akademią w zakresie kościelnym.
Pierwsza wizyta arcybiskupa warszawskiego jako Wielkiego Kanclerza ATK odbyła się 5 grudnia 1961 roku. W późniejszych latach Ksiądz Prymas wielokrotnie odwiedzał Akademię przy okazji inauguracji roku akademickiego oraz sympozjów i konferencji naukowych. W ramach inauguracji roku akademickiego 1972-1973 Senat ATK wręczył Kardynałowi Stefanowi Wyszyńskiemu pamiątkową księgę zatytułowaną „W kierunku człowieka” z okazji 25-lecie jego sakry biskupiej.
W 1974 roku Kardynał Stefan Wyszyński wydał – na mocy upoważnienia Kongregacji Seminariów i Uniwersytetów Katolickich – dwa dokumenty regulujące kwestie kanoniczności stopni naukowych nadawanych na ATK. Od tego momentu na obrony prac doktorskich i kolokwia habilitacyjne Wielki Kanclerz wysyłał swego delegata. W latach 1974-1977 był nim ks. dr Józef Glemp.
Ostatnie spotkanie Senatu UKSW z Wielkim Kanclerzem miało miejsce 9 marca 1981 roku (na dwa i pół miesiąca przed śmiercią Kardynała) w Jego rezydencji przy ul. Miodowej w Warszawie.
Ważną rolę w relacjach pomiędzy ATK a Kardynałem Stefanem Wyszyńskim odegrał ks. Profesor Józef Iwanicki, Rektor ATK w latach 1965-1972. Ks. Józef Iwanicki współpracował z redakcją „Ateneum Kapłańskiego” we Włocławku w latach przedwojennych, gdzie osobiście poznał ks. Stefana Wyszyńskiego jako redaktora naczelnego „Ateneum Kapłańskiego”. Ich drogi ponownie się zeszły w Lublinie w 1946 roku, kiedy ks. Stefan Wyszyński został biskupem diecezjalnym diecezji lubelskiej oraz Wielkim Kanclerzem KUL-u, a ks. Józef Iwanicki w listopadzie 1946 roku podjął wykłady z metodologii na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W czasie rektorskiej kadencji ks. Józefa Iwanickiego na ATK dochodziło do wielu formalnych i nieformalnych spotkań z Wielkim Kanclerzem ATK, Kardynałem Stefanem Wyszyńskim.
Rok 2001 w stulecie urodzin Kardynała Stefana Wyszyńskiego Senat UKSW ogłosił w Uczelni rokiem Kardynała Stefana Wyszyńskiego.