W 1999 roku została podpisana umowa pomiędzy Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Konferencją Episkopatu Polski, na podstawie której Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego zawierał umowy afiliacyjne z seminariami duchownymi. Na mocy tych umów alumni Wyższych Seminariów Duchownych stawali się studentami UKSW.
W ciągu dwóch lat (2000-2001) dziewięć seminariów duchownych podpisało umowy afiliacyjne: Wyższe Seminarium Duchowne w Płocku, Wyższe Seminarium Duchowne Ojców Franciszkanów w Łodzi-Łagiewnikach, Archidiecezjalne Wyższe Seminarium Duchowne w Białymstoku, Wyższe Seminarium Duchowne Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego w Ołtarzewie, Wyższe Seminarium Duchowne Towarzystwa Salezjańskiego w Lądzie, Gdańskie Seminarium Duchowne, Wyższe Seminarium Duchowne w Łomży, Wyższe Seminarium Duchowne w Łodzi i Wyższe Seminarium Duchowne Towarzystwa Salezjańskiego w Łodzi. Dodatkowo na jeden rok była podpisana umowa z Wyższym Seminarium Duchownym w Toruniu.