W latach kadencji rektorskiej ks. prof. Józefa Stępnia (1972-1981) ATK zorganizowała studia zaoczne teologii w tzw. Punktach Konsultacyjnych. Dzięki Punktom Konsultacyjnym księża pracujący w duszpasterstwie mogli uzyskiwać magisteria, pozwalające im profesjonalnie przygotować się do pracy w szkołach. Początkowo w Punktach Konsultacyjnych studiowali tylko księża, później także świeccy. Studia umożliwiały pogłębienie specjalizacji w dziedzinie biblistyki, katechetyki, homiletyki i liturgiki.

Zajęcia w Punktach Konsultacyjnych były prowadzone przez ok. 50 pracowników naukowych, którzy prowadzili wykłady, ćwiczenia i seminaria naukowe. Punkty Konsultacyjne były obsługiwane w znacznej mierze przez pracowników naukowych ATK dojeżdżających do Warszawy z innych diecezji lub miejscowych wykładowców.

W sumie utworzono na terenie całej Polski siedem Punktów Konsultacyjnych. Powstały one w Gorzowie Wielkopolskim (od 1973 r.), Katowicach (od 1973 r.), Płocku (od 1973 r.), Szczecinie (od 1974 r.), Suwałkach (od 1979 r.), Łodzi (od 1988 r.) i Gdyni (od 1989 r.). Punkt Konsultacyjny w Gdyni przeniesiono do Tczewa w 1992 r., po nowym podziale diecezji.